История Курганской городской поликлиники №2 началась 01.03.2017 года путем объединения ГБУ «Курганская больница №5» и ГБУ «Курганская больница №3».
История же Курганской городской больницы №5 начала свой отсчет с 01.05.1996 года путем слияния муниципального учреждения «Городская больница №3» — поликлинический корпус по ул. Карельцева, 54 и Городской поликлиники №1 – поликлинический корпус по ул. Гоголя, 42 и ул. Томина, 82.
Первым главным врачом Курганской городской больницы №5 стал Истомин Юрий Иванович.
Планомерное и всестороннее совершенствование оказания высококвалифицированной лечебной помощи больным является стратегической задачей ГБУ «Курганская поликлиника №2».